يستخدم لتشخيص مرض الداء البطني (بالإنجليزية: Celiac Disease) الذي يعتبر أحد أمراض المناعة الذاتية (بالإنجليزية: Autoimmune Disease)، ويعاني المصابون منه بإظهار أجسامهم لرد فعل مناعي عند تناول أي صنف من طعام يحتوي على بروتين الجلوتين (بالإنجليزية: Gluten) والموجود بشكل أساسي في القمح والشعير.
كما قد يستخدم فحص الأجسام المضادة للترانسغلوتاميناز لتشخيص وجود الداء البطني الذي لا يسبب أي أعراض عند الأشخاص الذي يملكون أقارب يعانون من المرض بالأصل، إذ توجد هناك احتمالية ظهور أعراض عليهم في المستقبل، كما قد يجرى التحليل للأشخاص المصابين بأمراض مناعة ذاتية أخرى.