تتراوح مشاكل الجهاز التنفسي من نزلات البرد إلى الالتهاب الرئوي. وهي تؤثر على مناطق من الجهاز التنفسي العلوي مثل الحلق والفم والجيوب الأنفية والأنف و / أو الرئتين وقنوات الشعب الهوائية السفلية. تشمل الأسباب الالتهابات الفيروسية والبكتيرية والحساسية والربو، وبالتالي، قد يطلب الطبيب عينات مسحة يتم جمعها من الحلق أو الفم وإرسالها إلى مختبر علم الأحياء الدقيقة لفحص العدوى.