تحليل البراز هو الطريقة التي من خلالها الكشف عن عدد من الالتهابات الميكروبية التي تصيب الجهاز الهضمي. تنقسم أمراض الجهاز الهضمي أساسًا إلى نوعين: الالتهابات والتسمم. كلاهما يسبب الإسهال، الإسهال الشديد المصحوب بالدم أو المخاط يسمى الزحار. يتم تحليل البراز من خلال اجراء فحص مظهري ومجهري واختبار مصلي وكذلك استزراع ميكروبي.يتضمن الكشف الميكروبي لعينات البراز على الاصابة بالبكتيريا الممرضة والاصابات الطفيلية والفيروسية.