يستخدم تحليل ANA للمساعدة في تشخيص اضطرابات المناعة الذاتية (بالإنجليزية: Autoimmune Disorders)، بما فيها:
التهاب المفاصل الروماتويدي (بالإنجليزية: Rheumatoid Arthritis).
الذئبة الحمامية الجهازية (بالإنجليزية: Systemic Lupus Erythematosus): وهي أكثر أنواع الذائبة شيوعاً.
تصلب الجلد (بالإنجليزية: Scleroderma).
متلازمة شوغرن (بالإنجليزية: Sjogren's Syndrome).